Le scogliere costiere ospitano cernie, aragoste e polpi. Ad abbracciare le coste rocciose delle isole ci sono praterie di posidonia oceanica che forniscono importanti habitat per i pesci giovanili. Sotto la superficie cristallina, grotte sommerse e montagne sottomarine offrono rifugio a grandi pesci pelagici come ricciole, tonno rosso, barracuda e caponi. Le profondità ospitano gorgonie e rari coralli. I visitatori che si avventurano più lontano dalla costa, possono avvistare capodogli, delfini e tartarughe marine che attraversano le isole per la migrazione e l’accoppiamento. Anche per questo le isole Eolie sono state dichiarate Hope Spot di Mission Blue, riconoscendo il lavoro svolto dall’Aeolian Islands Preservation Foundation (Aipf) e dai suoi partner, per aver promosso pratiche di pesca e turismo sostenibili, attività di ricerca scientifica su numerose specie in via di estinzione, iniziative di conservazione marina e riduzione dei rifiuti e programmi educativi per preservare l'area marina. Sylvia Earle, fondatrice di Mission Blue e autrice dell’omonimo documentario del 2014, sottolinea «il lavoro svolto dall’Aeolian Islands Preservation Foundation e dai suoi partner per per proteggere questo arcipelago coinvolgendo la comunità, con l’obiettivo di sensibilizzare sull'importanza di convivere con la natura. Questo è il momento di agire». Per Ambra Messina, direttrice esecutiva dell’Aeolian Islands Preservation Foundation e Hope Spot Champion, «La salute degli ecosistemi delle Isole Eolie è vitale per il mantenimento degli equilibri della natura ma anche per la sopravvivenza delle attività locali che dipendono dalla bellezza di queste isole. È molto importante per noi coinvolgere attivamente la comunità e le organizzazioni locali, per prenderci cura insieme di questo immenso patrimonio naturalistico».